日本的疫苗訴訟
日本從 2010 年起，公費提供 12-16 歲少女接種子宮頸癌疫苗，但 2013 年撤回建議，理由是接種後通報的不良反應 ( 主要是神經學上的，例如抽搐、頭痛和偏癱 ) 引起輿論的恐慌，需進一步釐清和疫苗之間的關聯；陸續有上百位接種疫苗後產生類似不良反應的女性，對藥廠提出法律訴訟。
好處和風險的取捨
所有的醫療行為，都需要在好處和風險之間作出權衡取捨。打疫苗有一定比例發生不良反應，然而不打疫苗面對的則是子宮頸癌的風險。
根據美國 CDC 的疫苗安全性監控系統，2006-2014 年美國接種了 6,700 萬劑子宮頸癌疫苗，通報的不良反應共 25,176 次，比例約萬分之四，而且當中絕大多數 ( 92.4% ) 是不嚴重的 ( non-serious )，包括暈針、頭暈、噁心、頭痛、發燒、注射部位腫痛。
疫苗接種的最大風險是對成份過敏而不自知；製造 4 價和 9 價疫苗的過程使用了啤酒酵母，並以鋁鹽作為佐劑，對其過敏者絕不可接種，以防發生致命的過敏性休克反應。
子宮頸癌疫苗屬於不活化疫苗，只含有病毒的一部份蛋白，並沒有感染的風險，至於發生在日本的神經學不良反應，至今並無與疫苗注射之間的因果關係證據。CDC 提供給接種對象及家長的說明文宣，更直接以「子宮頸癌疫苗是安全的」作為標題，無非是希望群眾放心。
可以防癌的疫苗
子宮頸癌疫苗是繼Ｂ型肝炎疫苗之後，第二種可以預防癌症的疫苗。
人類乳突病毒 ( HPV ) 生長於人類的皮膚和黏膜細胞，當慢性感染這種病毒時，就可能導致細胞癌化。約有 170 種人類乳突病毒，其中已知和子宮頸癌最相關的有十三種，藉由性行為傳染。此外口咽部、男女外生殖器、肛門也都有可能因感染 HPV 導致惡性腫瘤，疫苗可藉由預防 HPV 感染，降低相關癌症的發生。
2 / 4 / 9 價的差別？
２價：光是 16，18 這兩型就佔了子宮頸癌成因 70%，所以二價疫苗優先選擇最危險的這兩種病毒蛋白，女性專用。
４價：6，11 這兩型造成的不是子宮頸癌，而是俗稱菜花的肛門生殖器疣，4 價疫苗的特點是同時預防子宮頸癌 ( 70% ) 和菜花 ( 90% )，提高男性的接種動機。
９價：4 價疫苗再加上 31，33，45，52，58 五型，除了原本對菜花的防護，更讓預防子宮頸癌、外陰癌、陰道癌的效果上升到 96.7%。
為什麼有年齡上限？
既然人類乳突病毒是經由性行為傳染到子宮頸，最理想的接種時機就應該在尚未發生性行為的階段，以免有性行為後感染風險大增，疫苗的保護價值就沒那麼高了。此外臨床試驗時，受試者的最高年齡限制就定在 26 歲，這也成了仿單上規範的年齡適應症。
那超過 26 歲，尤其是沒有過性行為的女性，接種疫苗有保護價值嗎？學理上是有效的，醫師在符合正當合理使用的特定條件下，也有一定的決定權，為那些不屬於仿單適應症的對象開立疫苗，稱為「仿單核准適應症外使用」( off-label use )。
但問題是，如果打完疫苗發生嚴重不良反應，預防接種受害救濟不補償仿單核准適應症外使用的病患，需自行承擔風險。從疫苗開放至今，台灣的子宮頸癌疫苗救濟累計收到 14 件申請，通過 13 件。
反過來說，26 歲以下，但已有性行為的女性，需不需要接種？因為不太可能同時感染所有疫苗涵蓋的病毒株，所以接種至少預防了還沒有被感染到的病毒，基本上仍然是有好處的，建議接種。
孕婦打了會怎樣？
仿單不建議懷孕及計畫懷孕之婦女施打子宮頸癌疫苗；若接種後意外懷孕，則須停止接種、追蹤孕婦及胎兒的安全性，待生產結束，再完成後續接種。但 2017 年丹麥的一篇研究，回溯過去意外接種四價疫苗的孕婦，和其他孕婦相比，疫苗並不會增加孕婦的流產率或胎兒生長發育的異常。
但是話說回來，孕婦仍不是這支疫苗的理想接種對象，會建議孕婦接種的疫苗只流感、減量破傷風白喉非細胞性百日咳混合疫苗 ( Tdap ) 兩種。所以醫師可以合理安慰意外接種的準媽媽不用太擔心，但並不會鼓勵在懷孕時打這支疫苗，真想打可以生產完再說。
男性也要接種？
男性接種的意義，一方面是保護自己免於感染菜花、肛門癌，二方面也是保護性伴侶。美國 ACIP 對男性接種 9 價疫苗的建議如下：
11-12 歲：常規接種
13-21 歲：不曾接種者，建議接種
22-26 歲：不曾接種者，若有男男性行為或感染 HIV 者，建議接種
台灣最新版的仿單，已核准 9 價、4 價疫苗於 9-26 歲男性之適應症。
要打兩劑還是三劑？
9-14 歲的族群，接種兩劑的效果不遜於 15-26 歲接種三劑，因此 14 歲以下可以只接種兩劑，每劑間隔至少 6 個月。
三劑的接種時程，4 價及 9 價疫苗皆是在第 0-2-6 個月接種，若原本想採用二劑的時程，但第二劑的接種時間短於最低建議時距（2 價 5 個月、4 價及 9 價 6 個月），則應完成第三劑接種，且與第二劑至少間隔 3 個月
打過舊的可以打新的嗎？
若曾經接種過 4 價疫苗，要再打 9 價是安全的，多接種的 9 價額外提供對 5 種病毒（HPV 31, 33, 45, 52, 58）的保護，而這 5 種約造成 15% 的子宮頸癌。但目前 ACIP 並未特別建議常規再接種，應視風險程度的不同，與醫師討論個人化的決定。
打完就高枕無憂了嗎？
四價疫苗在接種八年之後，仍然有保護力。九價疫苗 2014 年才通過 FDA 核准上市，受試者追蹤時間目前最長也只到五年至六年，十幾二十年後的保護效果如何，有待時間證明。
打過子宮頸癌疫苗，仍要做癌症篩檢。由於從感染人類乳突病毒到變成子宮頸癌約需要二十年的時間，因此按時檢查通常能及時發現並治療。依照國健署的建議，30 歲以上曾有過性行為的女性，每一至三年可做一次免費子宮頸抹片檢查。
此外美國婦科腫瘤醫學會於 2015 年建議，可利用高危險型人類乳突病毒 DNA 檢測，確認感染狀況，取代抹片鏡檢。目前也有醫院提供在家自我採檢的選項，對顧慮隱私、想節省往返醫院時間成本的女性，是另一個便捷的選擇。
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