先說結論
就像麻疹一樣，過去台灣首度接種日本腦炎疫苗的族群，也面臨了抗體保護力下降、感染風險上升的問題。隨著鼠腦製造的日本腦炎疫苗停止使用，新進的活性減毒日本腦炎疫苗更少不良反應、需接種劑數更少，建議有感染風險的成人，應補接種一劑。
有感染風險建議接種
疾管署於 2018 年 1 月更新成人預防接種時程表，將建議簡化為兩類，一類是直接接種，另一類是如有感染疾病之風險，可依建議接種，後者包含日本腦炎、B 型肝炎與麻疹腮腺炎德國麻疹混合疫苗等。
依照建議，感染風險較高的人是居住、工作場所接近豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點等地區。以 2017 年高雄出現的首例日本腦炎病患為例，個案住湖內，路竹的工作地點附近就有兩處豬舍。從衛星空拍圖來看，路竹區是個人口聚落與田地交錯的地方，這些水稻田、池塘及灌溉溝渠都是適合家蚊生活的環境。
日本腦炎流行於亞洲與西太平洋，旅遊至這些國家，和在台灣一樣，都要評估被病媒蚊叮咬的感染風險。疾管署定期更新國際重要的疫情資訊，可以在計劃出國前，上網確認目的地最近是否有日本腦炎疫情，或直接點此連結。
由於日本腦炎是經由受感染的家蚊傳播，所以感染風險就等同於被病媒蚊叮咬的風險。病媒蚊主要是三斑／環紋家蚊，少數是白頭家蚊，除了人類，豬、禽鳥也是牠們覓食的對象。事實上家蚊叮咬這些動物才有利於病毒複製，進而感染新宿主，稱為增幅宿主；反而人類被感染後，血中病毒量太低，只能讓這個人生病，病毒無法再繼續往下傳播，稱為終端宿主。
病毒不會消失、沒有群體免疫
1979 年人類宣佈天花絕跡，日本腦炎有沒有可能等到這一天呢？因為日本腦炎病毒的整個傳播鍊相當複雜，牽涉到豬、水鳥、家蚊、人類，不像天花只會人傳人，再說也不可能把所有動物宿主都接種疫苗，這代表日本腦炎病毒不會從地球上消失。
有些疾病例如流感，就算自己沒有接種流感疫苗，只要身邊接觸的人大多數都有接種，就也跟著得到保護，稱為群體免疫。很可惜的是，日本腦炎因為不會人傳人，所以疫苗無法帶來群體免疫的效果，就算別人都打了疫苗，自己沒有打，被病媒蚊叮了照樣感染。
功成身退的鼠腦疫苗
台灣直到 1968 年才開始全面接種日本腦炎疫苗。沒有疫苗的年代，病例主要集中在 30 歲以下的族群，1967 年確定病例就多達 273 個，其中 75% 死亡。全面接種疫苗後，疫情才逐漸趨緩，2018 年迄今甚至還沒有確定病例產生。
正如其名，由日本研發的鼠腦疫苗，使用日本腦炎病毒株感染小鼠腦部，之後將其犠牲取出大腦，純化病毒後再加入福馬林，製成最後的不活化疫苗。雖然製程看似驚悚，但在過去的五十年之間，鼠腦疫苗扮演了很重要的防疫角色。
和麻疹疫苗一樣，保護力隨時間下降是共同的問題。根據 2002 年台灣的調查，日本腦炎抗體血清陽性率最低的族群是 1963 年以後出生的疫苗世代，反而在 1963 年之前出生者雖然沒有接種過疫苗，由於自然感染的緣故，事隔數十年進入中老年後，有較佳的保護力。
世界衛生組織於 2015 年明確建議，應逐漸使用新疫苗代替原本的鼠腦疫苗，理由是後者有較高比例的不良反應（如注射部位紅腫、蕁麻疹、血管性水腫，可能因鼠類蛋白質、明膠、硫柳汞所造成）、需要接種的劑數較多等。日本於 2005 年起不再使用鼠腦疫苗，台灣則是於 2017 年 5 月起，全面換用新型日本腦炎疫苗。
台灣可使用的新型日本腦炎疫苗有兩種，一種是活性減毒疫苗，一種是不活化疫苗。兩者有一些共同點，包括都使用 SA14-14-2 這個病毒株，且都是用 Vero cell（一種源自非洲綠猴腎臟上皮細胞的細胞株）進行病毒培養。
製作方式上，前者是將 SA14-14-2 病毒株的前膜蛋白（preMembrane）與套膜蛋白（Envelope）基因嵌合進黃熱病病毒的基因骨架中（這個技術也使用在目前上市的登革熱疫苗），做出可以表現日本腦炎表面抗原的新病毒，且不含佐劑或抗菌防腐劑。後者則是直接把 SA14-14-2 病毒株用福馬林去活化，且含有氫氧化鋁作佐劑。
接種方式兩者不同，前者在成人僅需皮下注射 1 劑，同時也是目前台灣日本腦炎疫苗的主流；後者則需肌肉注射 3 劑（前兩劑間隔 4 週，間隔一年接種第 3 劑），目前僅在不適合接種活性減毒疫苗時，向公衛體系申請。（例如懷孕、授乳、接受化學治療、14 天或以上的高劑量全身性皮質類固醇、已出現症狀或未出現症狀但有免疫功能缺損之 HIV 患者）
夏天是台灣日本腦炎的流行高峰，這和家蚊的生活史相關。依疾管署過去 20 年來的統計，光是六、七兩個月的累計個案，就佔了全部病例數的 74%。由於大部份人感染日本腦炎，症狀都很輕微，只有那些對中樞神經系統產生嚴重侵犯的病例，才會被醫師注意到並確診，所以目前對日本腦炎的個案統計，其實遠低於實際發生的數字。
正如其名，由日本研發的鼠腦疫苗，使用日本腦炎病毒株感染小鼠腦部，之後將其犠牲取出大腦，純化病毒後再加入福馬林，製成最後的不活化疫苗。雖然製程看似驚悚，但在過去的五十年之間，鼠腦疫苗扮演了很重要的防疫角色。
和麻疹疫苗一樣，保護力隨時間下降是共同的問題。根據 2002 年台灣的調查，日本腦炎抗體血清陽性率最低的族群是 1963 年以後出生的疫苗世代，反而在 1963 年之前出生者雖然沒有接種過疫苗，由於自然感染的緣故，事隔數十年進入中老年後，有較佳的保護力。
新型日本腦炎疫苗
世界衛生組織於 2015 年明確建議，應逐漸使用新疫苗代替原本的鼠腦疫苗，理由是後者有較高比例的不良反應（如注射部位紅腫、蕁麻疹、血管性水腫，可能因鼠類蛋白質、明膠、硫柳汞所造成）、需要接種的劑數較多等。日本於 2005 年起不再使用鼠腦疫苗，台灣則是於 2017 年 5 月起，全面換用新型日本腦炎疫苗。
台灣可使用的新型日本腦炎疫苗有兩種，一種是活性減毒疫苗，一種是不活化疫苗。兩者有一些共同點，包括都使用 SA14-14-2 這個病毒株，且都是用 Vero cell（一種源自非洲綠猴腎臟上皮細胞的細胞株）進行病毒培養。
製作方式上，前者是將 SA14-14-2 病毒株的前膜蛋白（preMembrane）與套膜蛋白（Envelope）基因嵌合進黃熱病病毒的基因骨架中（這個技術也使用在目前上市的登革熱疫苗），做出可以表現日本腦炎表面抗原的新病毒，且不含佐劑或抗菌防腐劑。後者則是直接把 SA14-14-2 病毒株用福馬林去活化，且含有氫氧化鋁作佐劑。
接種方式兩者不同，前者在成人僅需皮下注射 1 劑，同時也是目前台灣日本腦炎疫苗的主流；後者則需肌肉注射 3 劑（前兩劑間隔 4 週，間隔一年接種第 3 劑），目前僅在不適合接種活性減毒疫苗時，向公衛體系申請。（例如懷孕、授乳、接受化學治療、14 天或以上的高劑量全身性皮質類固醇、已出現症狀或未出現症狀但有免疫功能缺損之 HIV 患者）
夏季最盛行
夏天是台灣日本腦炎的流行高峰，這和家蚊的生活史相關。依疾管署過去 20 年來的統計，光是六、七兩個月的累計個案，就佔了全部病例數的 74%。由於大部份人感染日本腦炎，症狀都很輕微，只有那些對中樞神經系統產生嚴重侵犯的病例，才會被醫師注意到並確診，所以目前對日本腦炎的個案統計，其實遠低於實際發生的數字。
雖然臨床病例很少，但真的發生嚴重神經後遺症，影響可長達終生，疫苗預防這種發生率低但一發生就很嚴重的問題，角色和保險極為相似，而且不像保險只能事後補償，疫苗是真的在疾病發生前就把風險攔截下來。
